Župnijska cerkev v Vodicah je posvečena sveti Marjeti Antiohijski.

Glavna praznovanja:
- 7. velikonočna nedelja: malo farno žeganje
- Marjetina nedelja, 20.7. ali prva nedelja po tem datumu
- celodnevno češčenje: sobota pred farnim žegnanjem 
- druga nedelja v oktobru: farno žegnanje

Marjeta je bila rojena v 3. stoletju v Antiohiji v Siriji. Čeprav je izhajala iz zavedne poganske družine, se je že zelo zgodaj, po zaslugi svoje verne dojilje, seznanila s krščanstvom in tudi sama postala kristjanka. Ko je oče za to zvedel, jo je spodil od doma; zatekla se je k dojilji, kjer je bila pastirica. V času Dioklecijanovega preganjanja se je znašla pred prefektom Olibrijem. Ta se je zaljubil vanjo, toda ona ga ni sprejela, ker je bila že zaročena z Jezusom. Zaradi njene trdne odločenosti, jo je dal mučiti in zapreti v ječo. Tam so jo na vse mogoče načine hoteli spraviti s sveta, vendar je bila vselej na čudežni način rešena. Končno so jo usmrtili z obglavljenjem. Njena mučeniška smrt je mnogim izprosila milost spreobrnitve. Je ena izmed štirinajstih priprošnjikov v sili, tistih, ki pomagajo ne glede na stisko, v kateri se človek znajde.

Farna cerkev je bila gotovo zgrajena že pred letom 1118, saj listina iz tega časa govori, da naj takratni župnik da dovoljenje, da bi kaplani lahko krščevali tudi na treh podružnicah, ki so bolj oddaljene od farne cerkve. Kakšna je katera od teh cerkva bila, ni nikjer zapisano. Iz pisnih virov je tudi znano, da je leta 1726, ko je nastopil župnikovanje Jože Gregor Watsching, bila gotska cerkev, ki je bila že enkrat razširjena. On je tekom svojega dolgega delovanja €“ 44 let €“ vse cerkve v župniji prezidal v baročnem slogu. V Vodicah je bilo to leta 1739. Ta baročna cerkev je vabila vodiške vernike pod svoje okrilje do leta 1895, ko jo je potres tako poškodoval, da so jo morali podreti.

Novo, sedanjo cerkev, so začeli graditi po načrtih arhitekta Rajmunda Jeblingerja in 12. julija 1896 so blagoslovili temeljni kamen. Škof Anton Bonaventura Jeglič je štiri leta kasneje cerkev posvetil.

Važnejše dopolnitve farne cerkve:
- Leta 1907 in 1909 je slikar Matija Koželj poslikal vso notranjost.
- Septembra 1917 so cerkvi pobrali zvonove, razen najmanjšega in bakreno streho na zvoniku. 5. aprila leta 1922 so pripeljali tri nove zvonove. Edini stari zvon, ki je ostal po vojni, so prodali za cerkev v Tacnu. Isto leto, v mesecu juliju je bil ob cerkvi dozidan velik Katoliški dom. 20. septembra 1931 so bile blagoslovljene nove orgle v farni cerkvi.
- Na žegnanje 9. oktobra 1932 je v cerkvi prvič svetila elektrika.
- Leta 1934, na praznik Brezmadežne, je bila blagoslovljena lurška kapelica pod zvonikom.
- Leta 1944 so bila uničena vsa barvna okna pri cerkvi.
- Med drugo svetovno vojno je bil požgan Katoliški dom in leta 1945 porušen.
- Po načrtih Staneta Kregarja je cerkev leta 1972 dobila nova barvna okna.
- Leta 1980 je Janez Blažič kupil nov veliki zvon za cerkev.
- Dvanajst let kasneje, leta 1992, pa je bila obnovljena fasada cerkve in streha zvonika je bila spet pokrita z bakrom.